A bélben élő hasznos és ártalmatlan mikroorganizmusok alkotják a bélflórát. Ha a bélflóra egyensúlya felborul, annak puffadás, teltségérzet, hasmenés vagy szorulás lehet a következménye.
Ha a bélműködés egészséges, az megalapozza az egész szervezet egészségét. Az emberi bélrendszer teljes felülete 400 négyzetméter, megfelelő működését milliónyi bélboholy segíti, a belek átmérője pedig néhány centiméter. Emésztés során az elfogyasztott ételek értékes alkotóelemei a belekből szívódnak fel a vérbe. Az olyan kis molekulák, mint amilyen a szőlőcukor is, azonnal és változatlan formában kerülnek a vérbe. Az elfogyasztott étel átlagosan 24 órát tölt az emberi szervezetben: a gyomor négy órán keresztül emészt, a táplálék innen hat órára a vékonybélbe kerül, hét órát tölt a vastagbélben és további hét órát a végbélben, közben a hasznos tápanyagok felszívásra kerülnek, az emészthetetlen maradék pedig széklet formájában távozik. A leggyorsabban a szénhidrátok bomlanak le, a leghosszabb időt pedig a zsírok emésztése veszi igénybe.
A bélrendszer működését több mint 100 millió idegsejt irányítja. Ez az önálló idegrendszer a nyelőcsőtől a végbélnyílásig terjed ki, és sok tekintetben hasonlít a központi idegrendszerre: Pontosan ugyanolyan idegsejtek, hírvivő anyagok és receptorok vesznek részt a működésében. Ez az ideghálózat elemzi az étel összetételét, „szervezi” a baktériumokkal szembeni védelmet, kontrollálja a hormonkiválasztást, és vészjeleket küld az agynak, ha valamilyen méreganyag került a szervezetbe.
A gyomor-bélrendszeri panaszok oka gyakran az elfogyasztott étel továbbítása során bekövetkező zavar. Ha az emésztőrendszer túl lassú, székrekedés, ha túl gyors, hasmenés lehet a következménye. Tudósok feltételezik, hogy a stressz, a mozgáshiány vagy a hibás táplálkozás megzavarja ezeknek az idegsejteknek a működését. Ennek első jele a hasfájás és a puffadás. Az irritábilis bél szindróma tipikus tünetei is, mint amilyen a rosszullét, görcsök, hasmenés, az emésztőszervrendszer idegeinek hibás működésével állnak összefüggésben.
A bélrendszerben milliárdnyi mikroorganizmus él, néhány száz különböző faj. Ezek alkotják a bélflórát, és készítik elő a táplálékot, fontos tápanyagokat termelnek és támogatják az immunrendszert. Az erős gyógyszerek, például az antibiotikumok, a kortizon, egyéb hormonok, az élelmiszerekben lévő káros anyagok és a környezeti mérgek károsítják a bélflórát. Ezek nem csak a káros, betegségeket okozó, hanem a hasznos védelmi funkciókat betöltő baktériumokat is elpusztítják.
Ha a bélflóra károsodott (un. dysbakteriosis), a bélműködés teljesen elveszítheti egyensúlyát: hasfájás, teltségérzet, hasmenés lehet a következménye. A bélproblémák pedig rossz hatással vannak az egész szervezetre.
Ha a jó és rossz baktériumok egyensúlya felborul (kontaminált bél), ami gyakran elhúzódó antibiotikum szedés következtében alakul ki, és így a bélrendszer ideális táptalajává válik a rossz baktériumoknak, melyek elveszik a tápanyagokat a jó baktériumoktól, a tejcukrot (laktóz) erjesztik, és ezáltal a létfontosságú vitaminokat és ásványi anyagokat elvonják a szervezettől, és gyengítik az immunrendszert. A bélnyálkahártyában található a szervezet immunsejtjeinek nagy része. Ide tartoznak az immunglobulinok, melyek speciális fehérjék, antitestek. Elsősorban a nyálkahártyára került idegen anyagok elleni védelmet szolgálják. Ezen kívül olyan méreganyagokat termelnek, amelyek a bélfalon keresztül az erekbe jutnak. Ha a bélflóra átalakul, az immunrendszer tovább gyengül, és teret ad a betegségek, allergia, irritábilis bél szindróma és bőrproblémák kialakulásának.